Hiện đang tồn tại cuộc tranh luận trong cộng đồng khoa học nhằm giải thích quá trình thuần hóa diễn ra như thế nào. Một số nhà nghiên cứu cung cấp bằng chứng cho rằng chọn lọc tự nhiên, nơi đột biến ngoài tầm kiểm soát của con người khiến một số cá thể của một loài tương thích hơn hay đồng hành với cuộc sống của con người. Những người khác chỉ ra rằng việc lựa chọn giống có kiểm soát có vai trò lớn trong việc thay đổi loài kết hợp với thuần hóa. Các loại này không loại trừ lẫn nhau và có khả năng là chọn lọc tự nhiên và chọn lọc nhân tạo đều đóng một vai trò trong quá trình thuần hoá trong suốt lịch sử[1] Dù bằng cách nào, một quá trình thuần hóa đều kết hợp nhiều yếu tố. Việc thuần hóa lúa mì là một ví dụ về điều này. Lúa mì hoang tự gieo hạt rơi xuống mặt đất khi đã chín, nhưng lúa mì đã thuần hóa vẫn còn hạt trên thân khi chín. Có bằng chứng rằng sự thay đổi quan trọng này là một kết quả của đột biến ngẫu nhiên. Hạt của cây lúa mì với đột biến này chỉ được thu hoạch và trở thành hạt giống cho vụ tiếp theo. Lúa mì này đem lại nhiều hữu ích hơn cho nông dân và trở thành cơ sở cho các chủng khác nhau của lúa mì thuần hóa.[2]